לימודי המקרא מכוונים להביא את התלמידים להבנת הצורות השונות של הספרות המקראית לפי הקשרן הספרותי וההיסטורי, לעודד פיתוח גישה ביקורתית וכן מסורתית אל הטקסט, ולבחון את תפקיד המקרא בלימודי היהדות ואת משמעותו כמשאב חינוכי. יש לשאוף ללמוד מגוון רחב של קורסים: תרגילי טקסט, קורסי חתך, קורסי נושא, וקורסים בפרשנות המקרא. כל מתמחה במקרא כתחום ראשי יתבקש ללמוד לפחות סמינריון מתקדם אחד במקרא במשך לימודיו.

ספרות התלמוד וההלכה היא אחת מהיצירות המרכזיות של העם היהודי המקרינה השפעה על החיים היהודיים בכל הזמנים. מטרת הלימוד בתחום היא להקנות לתלמידים כלים שיאפשרו להם לעיין בספרות התלמוד וההלכה בצורה מעמיקה וביקורתית. תוכנית הלימודים מתקדמת ממבואות לתרגילים בתלמוד, בספרות הפוסקים ובספרות התשובות לסמינרים בסוגיות אקטואליות כגון החינוך בספרות הרבנית, מעמד האשה בהלכה ורפואה והלכה.

ספרות האגדה של חז"ל מבטאת עולם רעיוני עשיר ומשקפת ערכי יסוד בעולמם של החכמים. המפגש בין עולם רעיוני זה ובין העיון המעמיק במקרא מוצא את ביטויו בצורות המדרש. מטרת הלימוד בתחום זה לחשוף את התלמידים למגוון הצורות הספרותיות ולדרכי הלימוד והעיון הכלולים בספרות המדרש והאגדה של חז"ל, ולהקנות להם כלים שיאפשרו קריאה מעמיקה וביקורתית בספרות זו. תוכנית הלימודים מפגישה את התלמידים עם חיבורים שונים, עם צורות ספרותיות מגוונות ודרכי ניתוחן, ועם נושאים ובעיות שהעסיקו את החכמים במאות הראשונות לספירה.

מטרת הלימודים במחשבת ישראל, היא לפתח אצל התלמידים התמצאות ביצירות המופת של המחשבה היהודית לדורותיה, ולהקנות להם כלים ומיומנויות לניתוח מקורותיה. כמו כן, נועד תחום זה לשפר את יכולת התלמידים לדון בבעיות דתיות, קיומיות, ותרבותיות המעסיקות את המחשבה היהודית בימינו. במסגרת זו יושם דגש על הזיקה הקיימת לאורך כל התקופות בין מחשבת ישראל לבין מחשבת העמים, ובין הרעיונות ודפוסי החשיבה המאפיינים את המחשבה היהודית בזמן מסויים לבין המציאות ההיסטורית באותה תקופה.

מטרת הלימוד בתחום זה היא להפגיש את התלמידים עם תולדות עם ישראל מתוך גישה ביקורתית. מטרה נוספת היא להבחין בין השיטות השונות של חקר וכתיבת ההיסטוריה ולעמוד על מאפייניהם. התוכנית מציעה מבחר של קורסים בתקופות השונות.

חוגים ותוכניות ללימודי האשה הקיימים באוניברסיטאות בארץ בדרך כלל חסרים דגש מיוחד על היהדות. זאת התוכנית הראשונה בארץ המציעה תואר שני במדעי היהדות עם תחום התמחות בלימודי האשה והיהדות.

בניסיון להבין את מהותה של ההוויה היהודית מול החוויה היצירתית ייחשפו הסטודנטים למגוון של קורסים העוסקים בחיבורים שבין האמנות הפלסטית והיהדות, המוסיקה, המבע הקולנועי, התיאטרון ומקצועות היהדות.
הלימוד, העיון והצפייה ילוו בחוויה יצירתית במסגרת של סדנאות כגון סדנא בבית האמן בשיטת "מדרש במו ידיך" - וסדנא חווייתית במוזיקה היהודית.
מטרת מסלול הלימודים של תחום זה היא להנחיל הערכה לכוח היצירתי הרב הטמון בחיבור שבין מקצועות היהדות ותחומי האמנויות השונים ולהקנות כלי עזר לשילוב מעין זה בתחומי ההוראה והחינוך, הלימוד וההעשרה הכללית.

תוכנית זו מיועדת לאלה אשר עיסוקם המקצועי קשור בלימודי ארץ ישראל, תולדותיה ותרבויותיה וכן לכל המעוניינים להעמיק את ידיעותיהם בלימוד היצירה התרבותית, הרב-לאומית והרב-גונית שבמרכזה ארץ ישראל. יתקבלו בעלי תואר ראשון באחד התחומים הקשורים בלימודי ארץ ישראל (גיאוגרפיה, היסטוריה, ארכיאולוגיה, לימודי ארץ ישראל, מקרא וכדומה).

מטרת הלימודים בתחום היא לחשוף את הסטודנטים למגוון פניה של החוויה היהודית מראשית המאה העשרים ועד ימינו ולאתגרים שחוויה זו העמידה ומוסיפה להעמיד בפני העולם היהודי.

לימודי תחום זה יפגישו את הסטודנטים עם העולמות המגוונים שהתפתחו בקהילה היהודית הספרדית, בעולמם של מגורשי ספרד וכן בקהילות היהודיות בארצות האסלאם בימי הביניים ובעת החדשה. הלימודים בתחום זה יהיו בעלי אופי רב - תחומי - הם יתבססו על קורסי חובה שיאפשרו לסטודנטים להתוודע לחוויה ההיסטורית ולמעגל החיים היהודי בקהילות אלו. בנוסף, יתווספו עליהם מגוון קורסי בחירה בתחומי ההיסטוריה היהודית, מחשבת ישראל, הספרות, ההלכה, האמנות, המגדר ועוד.

העם היהודי כונה 'עם הספר', ואכן הספר, וההבעה האמנותית המילולית על גווניה הרבים, מלווים את העם היהודי במשך כל תולדותיו. תחום הלימודים המוצע בספרות עברית ויהודית במכון שכטר מתמקד  ביצירה הכתובה הרב-גונית של יהודים בשפה העברית ובשפות אחרות (ביניהן יידיש, לאדינו ואנגלית), עם דגש על העת החדשה. מטרתו היא לאפשר היכרות עמוקה בגווני ההבעה השונים של יהודים והשפעתן של הבעות אלה על הספרות היהודית בת-זמננו. הקו המנחה את התחום, המכוון את מבחר החיבורים והקורסים הנלמדים בו, הוא הבנת היצירה הספרותית כמשקפת את השאלות הקיומיות של היהודים במשך הדורות ואת חיפוש זהותם הייחודית והשתלבותם בין העמים.