עד לשנת 2018 השלימו את לימודיהם במכון יותר מ-1,700 בוגרים הפועלים ברובם בשדה החינוכי והקהילתי.
לאחר לימודיהם, חוזרים בוגרי מכון שכטר לשטח עם ידע עשיר בתחומי היהדות ועם מחויבות אישית ומקצועית לחלוק אותו עם האחרים. בנוסף, בוגרי המכון משפיעים על החברה הישראלית במעגלים שהולכים ומתרחבים.
קהילת הבוגרים של מכון שכטר היא קהילה איכותית והקשר המיוחד עם בוגרי המכון נשמר לאורך שנים.
בין בוגרי המכון:
מאיר כהן
חבר הכנסת מטעם מפלגת יש עתיד אשר שימש בעבר שר הרווחה והשירותים החברתיים, לשעבר ראש העיר דימונה.
מרים פרץ
אשת חינוך ישראלית ששכלה שניים מבניה בעת שירותם הצבאי ומאז מרצה בקרב בני נוער וחיילי צה"ל. כלת פרס ישראל למפעל חיים, על חיזוק הרוח היהודית־ישראלית לשנת תשע"ח.
נעמי קרן
אשת תקשורת, הגישה מהדורות חדשות ותוכניות שונות בטלוויזיה וברדיו במשך שנים רבות.
יוכי ברנדס
סופרת, פרסמה עשרות ספרים מלאי השראה מארון הספרים היהודי ומתולדות הציונות.