מלבד התכנית המרכזית ללימודי תואר שני עם התמחויות שונות, למכון שכטר מספר תכניות לימוד ייחודיות נוספות לתואר שני במדעי היהדות:
 
  • רוחניות - תכנית לתואר שני M.A ולימודי תעודה ברוח אלטרנטיבית, העוסקת ברוחניות, יהדות וחינוך. התכנית מציעה העמקה בעולמות רוחניים: רוחניות יהודית מכל הזמנים (חסידות, ספר הזוהר, טכניקות מיסטיות), תופעות רוחניות עכשוויות (ניו אייג', קולנוע רוחני, נאו חסידות), רוחניות בחינוך (כולל סיורים) ומסורות רוחניות מתרבויות אחרות.
  • מרפא - תכנית להכשרה מקצועית בתמיכה וליווי של אנשים המתמודדים עם מצוקות שונות, באמצעות כלים מתחום הרוח. בתכנית שני מסלולים: מסלול אקדמי ללימודי תעודה בשילוב עם תואר שני במדעי היהדות במסלול משפחה וקהילה; מסלול מקצועי ללימודי תעודה בלבד.
  • משל"י - תואר שני במדעי היהדות לצד הכשרה בהובלת לימוד בית מדרשי, בניית טקסים ותפילות למרחב קהילתי ישראלי, פיתוח פרויקטים חברתיים וטיפוח כישורי פעילות והובלה בקהילה.
  • מנהיגות קהילתית ברוח היהדות - מעניקה כלים מקצועיים הדרושים לעבודת הקהילה ולהתמודדות עם אתגרי עידן האינדיבידואליזם והקפיטליזם, ובוחנת את הקהילתיות בעיני המסורת היהודית.
  • תרבות יהודית ישראלית - תכנית לימודים לרכישת תעודת הרחבת הסמכה להוראת המקצוע החדש בשילוב תואר שני במדעי היהדות. ניתן ללמוד לתעודת הרחבת הסמכה בלבד.
  • מנהיגות חינוכית תל"י - מיועדת לאנשי חינוך ברשת חינוך תל"י. הרחבת אופקים וגיבוש תפיסת עולם מעמיקה בנושא יהדות וציונות | גישה פתוחה, מחויבת ורצינית | כלפי היצירה היהודים לגווניה ולדורותיה.