בנוסף לקורסי הליבה הנלמדים במסגרת התחום הראשי והתחום המשני, על הסטודנטים לתואר שני במכון שכטר להירשם לקורסים נוספים, על פי הקביעה של היועץ האקדמי ובהתאם לידע הקודם של הסטודנט.

קורסים אלו נחלקים ל-4 קטגוריות שונות:

1. קורסי השלמה
סטודנטים החסרים רקע במדעי היהדות יחויבו במספר קורסי השלמה בנוסף למכסת הקורסים הדרושים לתואר. הקורסים ייבחרו בתיאום עם היועץ/ת האקדמי/ת של התכנית.

סטודנטים בעלי תואר ראשון במדעי היהדות עשויים להתחייב בקורסי השלמה בתחומים שאותם לא למדו במסגרת התואר הראשון. ניתן ללמוד את ההשלמות בתולדות עם ישראל באופן מקוון.
 
 
2. קורסי יסוד
 
 
3. קורס מקוון בכתיבה אקדמית
 
כל סטודנט במכון שכטר מחויב ברישום לקורס מקוון, המקנה את הכלים הדרושים לכתיבת עבודות על פי הכללים הנהוגים באקדמיה. הקורס יינתן בשני הסמסטרים ועלותו סמלית, 200 ש"ח בלבד. סטודנטים שהתקבלו על תנאי חייבים להירשם בסמסטר הראשון ושאר הסטודנטים יירשמו בסמסטר השני.
 
קיימת אפשרות לקבל פטור על בסיס של הצלחה בתרגיל שיינתן במשך הסמסטר הראשון בלבד.
 
 
4. "זרמים ופלורליזם ביהדות המודרנית"
קורס חובה לכולם הנכלל במסגרת נקודות הזכות לתואר.