התכנית לתואר שני במכון שכטר היא בעלת אופי אינטגרטיבי ומטרתה להעניק בסיס רחב ועשיר בתרבות ישראל על מרכיביה השונים. במהלך הלימודים מושם דגש על פיתוח חשיבה עצמאית וטיפוח גישה ביקורתית ומחקרית לצד התייחסות לצד הקיומי והערכי של החומר הנלמד. הסטודנטים נדרשים לגלות יצירתיות, שהיא תוצר של בגרות מקצועית ובשלות מחשבתית, הבאות לידי ביטוי בכתיבת עבודות בעלות אופי מחקרי, בניתוח מתודולוגי או בבניית פרויקטים בעלי אופי יישומי וחינוכי, כגון כתיבת תכניות לימודים לאלו הבאים ממערכת החינוך.
 
מכון שכטר מעניק לבוגריו תואר שני ישראלי M.A. המוכר על ידי המועצה להשכלה גבוהה.