מכון שכטר למדעי היהדות הוא מוסד להשכלה גבוהה שמטרתו לחקור, ללמד ולהנחיל את מדעי היהדות בגישה אקדמית, פתוחה, שוויונית ופלורליסטית, תוך שימת דגש על משמעותם ועל יישומם בחיים המודרניים.
 
לשם כך מנהל מכון שכטר תכנית לתואר שני רב-תחומי וחדשני במדעי היהדות לקהל שוחרי הדעת בכלל ולציבור המחנכים בפרט, מעודד כתיבת מחקרים ופרסומם, מנהל מכוני-מחקר יישומיים ומקיים ימי עיון וכנסים.
 
התואר השני במכון שכטר מוכר על ידי המועצה להשכלה גבוהה.